清华园车站修建于宣统二年(公元1910年),其原址位于现在的清华大学南门外,已有百余年历史。20世纪50年代早期,清华园站才向东南迁移到如今的北四环路南侧、城铁13号线高架段的旁边。从此,清华大学南门外的清华园老站终结了客运历史,只作为货运站,主要给学院路的八大高校和周围单位供给煤和油,直到上世纪八十年代末才彻底停止使用。而北四环路南侧的清华园车站则一直沿用至今。2008年为了配合北京市郊铁路S2线开行,清华园站改造为高站台,平时的客流以附近学生和前往京郊游玩的旅客居多。